viでファイルを保存しようとしたらできなかったのでdfで確認したところ100%となっていたので、下記を参考に当場を凌ぐことに。とりあえず90%まで下がった。
https://www.souichi.club/aws/out-of-disk-space/

===2019.9.9追記===
アップデートをしたところ、また容量が94%まで上がったので上記を参考にどこがネックなのか調べてみることに。すると
mongodbのjournalファイルが全体の８Gの容量中３Gも占めていることが判明。そういえば以前も似たような事があったことを思い出しつつ、http://te2u.hatenablog.jp/entry/2013/02/06/222342を参考に削除したところ一気に容量が５０％まで回復。
EC2の契約アップしようかとも思ったがしなくて良かった。。